가장 큰 차이 점은 

Dynamic web module version 3.0 에서는 WEB-INF >> web.xml 파일이 없음 

Dynamic web module version 2.5 에서는 WEB-INF >> web.xml 파일이 있어 편집가능

그래서 

Dynamic web module version 3.0 이나 3.1은 직접 추가하거나 (하려면 generate 해야함)
3.1은 annotation방식으로 대체함 (내부적으로 xml이 존재)